Sau khi nắm giữ chức vụ Thủ tướng, Thaksin Shinawatra đề xướng nhiều chính sách khác nhau ảnh hưởng đến kinh tế, sức khỏe xã hội, giáo dục, năng lượng, thuốc, các mối quan hệ ngoại giao quốc tế. Ông thắng phiếu lớn trong 2 lần tranh cử sau đó. Các chính sách của Thaksin mang lại hiệu quả đặc biệt vào việc giảm nghèo vùng nông thôn, và thiết lập được một nền y tế mà mọi người đều có thể chi trả. Vì những điều trên, có thể nói, ông là thủ tướng dành cho những người nghèo. Tuy nhiên, chính phủ của ông luôn thường xuyên bị thử thách bởi những lý lẽ cho rằng ông lãnh đạo độc đoán, mị dân, tham nhũng, những xung đột về quyền lợi, vi phạm quyền con người, hành xử không khéo léo, sử dụng quyền hành thái quá và có thái độ thù địch với báo chí tự do. Không những bị xem như là một nhà lãnh đạo được lắm kẻ ưa và cũng nhiều người ghét, ông còn là mục tiêu của hàng luận điệu đả kích về phạm thượng với vua, phản quốc, chiếm đoạt tài sản tôn giáo và hoàng gia, bán tài sản cho các nhà đầu tư nước ngoài, báng bổ tôn giáo.

Giống Thủ tướng Silvio Berlusconi của nước Ý, Thaksin luôn bị đeo đuổi bởi những xung đột quyền lợi giữa chức vụ thủ tướng và nguồn lợi kết sù trong doanh nghiệp, năm 2001 Thaksin suýt chút nữa bị kết án che giấu tài sản (cùng với lệnh cấm giữ chức vụ công trong 5 năm). Nhiều người tin rằng các thẩm phán đã nhận hối lộ để tha bổng Thaksin và các cuộc điều tra vẫn chưa khép lại. Biện minh cho mình, Thaksin nhấn mạnh rằng việc che giấu tài sản chỉ là một sai lầm không cố ý.

Trọng tâm của các chính sách được ban hành bởi chính phủ Thaksin là nhằm thu hút cảm tình của quảng đại quần chúng, chi tiêu những số tiền lớn cho các trợ giúp như những khoản tiền vay lãi suất thấp dành cho nông dân cùng những khoản phụ cấp y tế. Những người ủng hộ ông cho rằng chính sách kinh tế này, được gọi là nền kinh tế Thaksin (Thaksinomics), giúp phục hồi kinh tế Thái Lan sau cuộc Khủng hoảng Tài chính Á châu năm 1997. Song, những người chỉ trích cáo buộc rằng Thaksinomics chẳng khác gì đối sách của nhà kinh tế học John Maynard Keynes chủ trương bơm tiền vào để giải quyết khủng hoảng, nhưng được gán cho nhãn hiệu mới để được gọi là cách mạng.

Năm 2003, Thaksin tiến hành chiến dịch chống các tay buôn ma tuý với biện pháp hành quyết bên ngoài luật pháp với số nghi can bị thiệt mạng lên đến vài trăm người, đã bị chỉ trích dữ dội bởi các tổ chức bảo vệ nhân quyền. Cũng có những lời than phiền cho rằng Thaksin thường cài người thân hoặc đối tác kinh doanh của mình vào cơ cấu chính quyền, điển hình như đem một người anh em họ, tướng Chaiyasit Shinawatra, từ một huyện xa xôi vào vị trí Tổng tư lệnh Lục quân.

Mặc dù có những báo cáo về tình trạng tham nhũng phổ biến trong chính phủ, Thaksin vẫn giành được chiến thắng vang dội khi tái tranh cử trong cuộc bầu cử tổ chức vào tháng 1 năm 2005; đảng Thai Rak Thai chiếm 374 trong tổng số 500 ghế tại Quốc hội, trong khi đảng đối lập chính, Đảng Dân chủ, mất hơn một phần tư số đại biểu, chỉ còn 96 ghế. Phần lớn số ghế mà đảng của Thaksin giành được là từ các khu vực phía Bắc và Đông Bắc, nơi chiến dịch tranh cử của ông nhắm tranh thủ tình cảm dân nghèo đã hoạt động hiệu quả. Cung cách của Thaksin khi xuất hiện trên các chương trình truyền hình quốc gia sau Thảm họa Sóng thần Ấn Độ Dương đã gây ấn tượng mạnh trên giới trung lưu ở Bangkok với thái độ chính trị lâu nay vẫn được xem là khó lường khi đảng Thai Rak Thai giành chiến thắng ở 32 trong số 37 đơn vị bầu cử, mặc dù mãi đến tháng 11 năm 2005, các cáo buộc về gian lận trong bầu cử ở 3 trong số các quận này vẫn chưa được điều tra. Đảng TRT cũng hoạt động tốt tại các tỉnh miền Trung, thành lũy lâu đời của Đảng Chart Thai. Dù vậy, ở các tỉnh biên giới phía Nam, nơi các cuộc nổi dậy đòi ly khai đang hoạt động mạnh, đảng của Thaksin chỉ giành được một ghế.

Cuối năm 2005, Thaksin đâm đơn kiện về tội phỉ báng chống lại Sondhi Limthongkul, nhà báo và chủ nhân của một trong ba nhật báo lớn nhất Thái Lan, cũng là người kiên trì chỉ trích thủ tướng. Vụ kiện được rút lại sau khi Nhà vua Bhumibol Adulyadej, trong bài diễn văn sinh nhật, ngụ ý chống lại vụ kiện. Trước những chỉ trích ngày càng gia tăng từ giới truyền thông, tháng 11 năm 2005 Thaksin quyết định huỷ bỏ các buổi họp báo hằng tuần cho đến cuối năm, cho rằng sao Thuỷ không hợp với sao chiếu mệnh của ông, và như thế sẽ gây tai họa cho ông. Về sau một phát ngôn viên chính phủ giải thích rằng có quyết định này là do thủ tướng quá bận rộn và thủ tướng muốn các thành viên nội các có cơ hội giải đáp các câu hỏi đặc biệt chứ không phải do các nguyên nhân về môn chiêm tinh.